Музейный центр «Гамаюн» был создан 25 марта 1994 года. Учредителем новой организации выступило Управление культуры администрации города Екатеринбурга. Музей стал наследником существующей более 10 лет Ассоциации мастеров народного творчества и художественных ремесел «Гамаюн».

Новая музейная институция первая в Уральском регионе обратила внимание на альтернативное художественное творчество и сделала его предметом коллекционирования. Благодаря разнообразным выставочным проектам, исследовательской работе и научно-просветительской деятельности, музей активно занимается как популяризацией мэтров наивного искусства, так и открывает новые имена.